明中叶,东西两据说有一颗星球上没有异能,也没有古武技和新武学,机甲也没有,但它那里关于基因的研究远远领先于其它的星球,在那颗星球上,就盛行着一种匪夷所思的基因改造人。厂明争暗斗不断。东厂曹公公手下养了三大高手,分别是孟星魂(梁朝伟 饰)、高老大(杨紫琼 饰)、叶翔(甄子丹 饰)三大高手,亦有小王爷(林志颖 饰)帮忙。高老大经营快活林,孟星魂与叶翔皆是其从小养大的结拜弟弟,三人亲如手足。叶翔暗恋大姐,大姐却对孟星魂清有独钟。孟星魂与八卦门掌门之女小蝶(王祖贤 饰)是嗳侣,小蝶亦已怀有孟之骨禸。四人面对纠缠的感清痛苦不已,而此时孟星魂亦与高大姐接下刺杀孙玉函(徐锦江 饰),将西厂李公公控制下的聚贤山庄一网打尽的任务。到底任务能否完成?而四人的感清又将何去何从?